Os efeitos da psilocibina têm caráter alucinogino na maioria dos casos. Após a ingestão da substância (através do cha do cogumelo ou do cogumelo desidratado e moído, por exemplo) o indivíduo leva tipicamente cerca de 15 a 45 minutos para começar a sentir os efeitos. Os efeitos variam de pessoa para pessoa e também dependem do tipo de cogumelo ingerido. A princípio pode-se ter uma impressão de leve tontura e até mesmo um certo desconforto gastrico (que pode ocasionar vômito). Muitas vezes tem-se sensações agradáveis que incluem empatia com as outras pessoas e com o universo. Em um segundo momento é possível perceber alterações nas percepções visuais e noção de espaço. Por volta da 2º hora costuma-se alcançar o topo da "viagem". Neste ponto, dependendo da quantidade ingerida, pode-se estar em um estado totalmente desconexo da realidade. Alucinações intermitentes em todos os sentidos provocando sinestesia e desprendimento do ego são comuns.
O ponto alto da efeito pode ser extremamente agradável e, segundo alguns usuários, descrito como "viagem" talvez pela profusão de imagens percebidas, é de um aprendizado (insight) considerável. No entanto, algumas pessoas ou em algumas situações pode-se realmente sentir-se desconfortável com as alucinações ou visões. Há pessoas que relatam experiências místicas com a psilocibina que lhes pareceram extremamente positivas, mas há também quem tenha viagens péssimas e cheias de medo ou paranóia.
Tratando-se de psicodélicos ou alucinógenos não se pode ignorar o contexto ou set em que se consome a substância, contudo há diferenças farmacológicas no efeito agonistico doLSD e psilocibina de acordo com os sítios receptores de atuação. Segundo, Miranda;Taketa; Vilaroto-Vera, o LSD atua sobre vários receptores da serotonina (5-HT) enquanto que a psilocibina é mais seletiva (especificamente em relação ao 5-HT2).
Recentes pesquisas têm encontrados efeitos potenciais promissores para utilização da psilocibina e LSD sobre cefaléia em salvas. A enxaqueca vem sendo tradicionalmente tratada com triptaminas não psicodélicas e ergotaminas, ou seja, moléculas estruturalmente afins.
Efeito de cura ritual ou psicoterapia ainda necessita maior aprofundamento face aos séculos de perseguição católica ou impedimentos legais decorrentes do uso recreativo descontrolado que inadequadamente foi combatido por proibição policial e hoje se sabe que não se pode destruir valores culturais sem efeitos deletérios sobre a organização social incluindo-se nesse contexto o consumo desorientado, ou seja, o ritual é uma forma de controlar o consumo.
Entre as indicações de uso por médicos feiticeiros (ticitl) da cultura asteca-nahuatl encontram-se : febre, dores de dente, gota, constipação gripe além dos males identificados no conhecimento médico religioso tradicional como o “espanto”, “ares” de doença (elhigattl cocolitzle) “castigos” de divindades específicas do vento água, da chuva, dos montes (frio) ou mesmo o tlazolmiquiztli (a morte causada pelo amor) e as manifestações psicossomáticas de enfeitiçamento maléfico entre outros agravos para as quais o diagnóstico através do uso ritual do teonanacatyl é fundamental.